恐龍屬於爬行綱，因為在頭骨雙眼眼眶的後面各有一個開孔，因此被歸為雙弓亞綱 (Diapsida)。在三疊紀時，有一類雙弓亞綱動物─槽齒類 (Thecodonte)，這種動物後來演化成翼龍、鱷及恐龍。槽齒類動物和牠後來演化成的三類動物統稱為祖龍或初龍類 (Archosaures)。
始祖鳥(Archaeopteryx)是目前所出土最古老的鳥類化石，也是學界公認的鳥類祖先，這時期的鳥類只能算是粗具鳥類特徵的恐龍，溫血而笨重。經過大約七千萬年的進化，遠古鳥類才擁有現代鳥類的所有特質，骨骼中空，牙齒完全退化，羽毛細緻而發達。始祖鳥是由祖龍類(Archosaurs)演化而來，而祖龍類也正是恐龍和鱷魚的祖先，所以鳥類和恐龍甚至是鱷魚可以算是遠古近親。
而在恐龍滅絕後，始祖鳥歷經多次進化已不存在於現今世界，鱷魚已經是世上僅存的祖龍類(Archosaurs)生物。
主龍（Archosauria）又名初龍類、祖龍類、古龍類，在希臘文意為「具優勢的蜥蜴」，是雙孔亞綱爬行動物的一個主要演化支，包含恐龍、翼龍目，現僅存鱷魚與鳥類。
鱷目、翼龍目、恐龍、以及離龍目在1億9500萬年前的三疊紀-侏儸紀滅絕事件中存活下來，但其他早期的主龍類則滅絕了，例如植龍目與勞氏鱷目。
鑲嵌踝類主龍（Crurotarsi）是一個主龍類演化支，由保羅·塞里諾（Paul Sereno）在1991年建立，用來取代舊的偽鱷亞目。塞里諾在2005年作出更準確的種系發生學定義：親緣關係較親近於尼羅鱷，而離家麻雀較遠的所有物種；也就是親緣關係較親近於鱷魚，而離鳥類較遠的所有物種。所以，鑲嵌踝類主龍是鳥頸類主龍（親緣關係較親近於鳥類，而離鱷魚較遠）的姐妹演化支。與舊式的傳統分類相比，鑲嵌踝類主龍或多或少符合槽齒目去掉古鱷亞目，再加上鱷目。
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鳥頸類主龍（Ornithodira）又稱鳥頸總目，是一個龐大的主龍類演化支。鳥頸類主龍的特徵是挺立的步態與S狀曲線的脖子，所以命名為鳥頸類主龍。鳥頸類主龍包括兩個次演化支：恐龍形態類（Dinosauromorpha）、翼龍目。
 Scleromochlus
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恐龍與翼龍目在白堊紀-第三紀滅絕事件中滅亡，但鱷目、離龍目、以及鳥類存活下來。鳥類是主龍類的後代，因此在種系發生學中，鳥類屬於主龍類。離龍目則在漸新世時期滅亡。目前只有鱷目（包括現代鱷魚、長吻鱷、短吻鱷）與鳥類繁盛於現代。
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